生物菌肥是一种环保的肥料
生物菌肥可以提高化肥的使用效率，如果只是使用生物菌肥生产作物，那么生产出的作物就属于绿色食品。而除了这些优点外，生物菌肥本来就是一种环保的肥料。
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料(菌种剂)供应于堆肥厂(场)，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
由此可见，生物菌肥的使用不仅仅让作物更加环保，也让我们的生活环境、城市环境变得更加环保。